Desde su inauguración, el Garrahan lleva realizados más de 2800 trasplantes, entre renales, hepáticos, cardíacos y de células progenitoras hematopoyéticas. En 1992, se llevó a cabo en el Hospital el primer trasplante de hígado en una institución pediátrica de Argentina. En 30 años, el servicio de Trasplante Hepático realizó 941 trasplantes de hígado, a través de las distintas técnicas disponibles en el mundo para paliar la escasez de donantes: hígado entero, reducido, split y donante vivo relacionado.

En el año 2000 se realizó el primer trasplante cardíaco en el Garrahan y desde esa fecha se realizaron 86. El servicio de trasplante cardíaco es pionero en la incorporación de tecnologías de última generación que sirven de puente al trasplante como son los llamados corazones artificiales (Berlín Heart y Sistema intratorácico de asistencia ventricular).

Los trasplantes de riñón comenzaron a realizarse a partir de 1988 y desde esa fecha se realizaron un total de 1023, con resultados comparables a los mejores centros de salud del mundo.

Por otra parte, se sabe que el trasplante de Células Progenitoras Hematopoyéticas (CPH), conocido como trasplante de médula ósea (TMO), es hoy la mejor alternativa terapéutica para diversas enfermedades hematológicas, oncológicas, inmunológicas y metabólicas en pediatría. Las CPH pueden obtenerse de la médula ósea, de sangre periférica (SP) o de sangre de cordón umbilical (SCU). Hay tres tipos de trasplantes de CPH: alogénico (células donadas por un familiar o donante voluntario), singeneico (donante y receptor son gemelos idénticos) y autólogo (células criopreservadas del propio paciente). El programa de trasplante de CPH se inició en 1994 y hasta la actualidad lleva realizados 788 trasplantes.

El Hospital continua día a día perfeccionándose e incorporando nuevas técnicas con el objetivo de obtener resultados comparables con los mejores centros de salud del mundo.